동작하는 리눅스 시스템을 셧다운할 때는, (컴퓨터의 앞이나 뒤에 있는) 리셋 스위치를 눌러서 다시 시작하거나 컴퓨터 전원을 끄면 안 됩니다. 리눅스는 정해진 방법을 이용해서 꺼야 하고, 그렇지 않으면 파일이 지워지거나 디스크가 손상될 수 있습니다. 데스크탑 환경에서 동작하는 시스템이라면, 프로그램 메뉴에 “로그아웃” 옵션이 있고 그 메뉴에서 시스템을 끌 수 (아니면 다시 시작할 수) 있습니다.

다른 방법으로 Ctrl+Alt+Del 키 조합을 누를 수도 있습니다. 또 다른 방법으로 위의 키 조합이 동작하지 않거나 명령어 사용을 더 좋아한다면, 루트(root)로 로그인해서 poweroff, halt 아니면 shutdown -h now 명령을 사용하고 시스템을 다시 시작하려면 reboot 명령을 사용합니다.