GNU/리눅스는 전용 파티션이 최소한 하나 필요합니다. 파티션 한 개에 전체 운영 체제와, 응용 프로그램과, 개인 파일을 집어 넣을 수도 있습니다. 보통 스왑 파티션이 따로 있어야 하지만, 꼭 필요하지는 않습니다. “스왑”은 운영체제가 사용하는 임시 공간으로, 스왑을 이용해 디스크를 “가상 메모리”로 사용합니다. 스왑을 별도의 파티션에 만들면, 스왑을 더 효율적으로 사용할 수 있습니다. 일반 파일을 스왑으로 사용할 수도 있지만, 추천하는 방식은 아닙니다.

하지만 대부분은 (최소한 필요한 파티션 보다는) 더 많은 파티션을 GNU/리눅스에 사용합니다. 파일 시스템을 여러 개의 작은 파티션에 나누는 게 좋은 두 가지 이유가 있습니다. 첫째는 안전 문제입니다. 무슨 이유에서든 파일 시스템이 손상될 경우, 보통 한 파티션만 손상됩니다. 즉 (잘 보관해 두고 있던 백업에서) 시스템의 일부분만 복구하면 됩니다. “루트 파티션”이라고 하는 파티션을 최소한으로 만드는 게 좋습니다. 루트 파티션에는 시스템의 가장 핵심 컴포넌트만 들어 있습니다. 다른 파티션이 손상되더라도 이 루트 파티션이 정상이면 GNU/리눅스 시스템으로 들어가서 시스템을 바로잡을 수 있습니다. 시스템을 처음부터 다시 설치하는 것보다는 수고를 덜 수 있습니다.

두번째 이유는 보통 업무용 컴퓨터에서 더 중요하지만, 컴퓨터를 어떻게 사용하느냐에 따라 다릅니다. 예를 들어 대량을 스팸 메일을 받는 메일 서버에서는 금방 파티션 하나가 꽉 찹니다. 그 메일 서버에서 /var/mail을 별도의 파티션에 만들었다면, 스팸메일을 받더라도 시스템의 다른 부분은 계속 동작할 것입니다.

파티션 여러 개의 사용할 경우 유일한 단점은, 파티션에 필요한 크기를 미리 알기 힘들다는 점입니다. 파티션을 너무 작게 만들면 시스템을 새로 설치하거나 그 파티션에 있는 파일을 자주 다른 파티션으로 옮겨야 합니다. 반면 파티션을 너무 크게 만들면 다른 곳에서 쓸 수 있는 용량을 낭비하는 셈이 됩니다. 디스크 가격이 저렴해 졌지만 낭비할 필요는 없습니다.