Was gibts Neues in Debian Med in Lenny?
15. Februar 2009
Wir sind stolz darauf, die erste Veröffentlichung von Debian Med zusammen mit
Lenny
, der neuen stabilen Version des
Debian-Betriebssystems, bekanntzugeben.
Das Debian-Med-Projekt
wächst weiterhin gesund
, was sich in der stetig
steigenden Anzahl an Paketen für die medizinische Behandlung und eine wachsende Anzahl an Personen, die aktiv am
Projekt arbeiten, zeigt. Unsere derzeitige Arbeit konzentriert sich auf drei
Hauptaktivitätsgebiete: Bildgebung, Bioinformatik und medizinische Praxis.
Während dieses Veröffentlichungszyklus entwickelten wir neue dynamische Webseiten, um
den Entwicklungsstand unseres Projekts darzustellen.
Die sogenannten Task-Seiten könnten der interessanteste Einstiegspunkt für Benutzer und mögliche Benutzer von Debian Med sein, da sie den aktuellen Status unserer Arbeit im Hinblick auf die Integration medizinischer Software in Debian wiedergeben. Die Task-Seiten stellen eine Liste von installierbarer medizinischer Software bereit und desweiteren eine Kontaktstelle für Benutzer, die ein bestimmtes Programm benötigen, das noch nicht verfügbar ist. Falls etwas aus der Liste der verfügbaren Software fehlt, könnten die Benutzer uns nach den fehlenden Dingen fragen oder leicht den Status der Arbeit am Projekt ersehen.
Zusätzlich zu den Benutzer-orientierten Task-Seiten erstellen wir auch Seiten, die Fehler in medizinischer Software innerhalb von Debian darstellen. Die Fehlerseiten sind ein nützliches Werkzeug für Debian-Med-Entwickler, um die Pakete zu erkennen, an denen gearbeitet werden muss.
Medizinische Bildgebung
Viele neue Pakete wurden für Programme erstellt, die die Formate DICOM und Nifti unterstützen. Diese sind wichtige Standards im Bereich der medizinischen Bildgebung: Aeskulap, AMIDE, dinifti, FSLview, ImageJ, PyNIfTi. Dank eines Patches, der die Verwendung von MySQL 5 erlaubt, konnten wir weiter CTN in Lenny vertreiben. CTSIM, das von einer alten Version der WxWidgets-Bibliothek abhängt, wird nicht Teil der Veröffentlichung sein, wird aber trotzdem Teil von Debian im Unstable-Bereich bleiben. Sobald ein Upgrade auf eine neuere Version von WxWidgets erfolgt ist, wird das Debian-Med-Projekt einen offiziellen Backport erstellen.
Sie können alle Programme für die medizinische Bildgebung in unserem Paket med-imaging finden.
Sequenzanalyse und Bioinformatik
Diese Veröffentlichung erlebt die Ankunft von EMBOSS, einer sehr
umfangreichen Software-Suite für die Sequenzanalyse, in Debian, zusammen mit
einer seiner Webschnittstellen, EMBOSS Explorer,
die Sie lokal, in Ihrem Intranet oder über das Internet benutzen können, nach
einer Installation, die einfach nur die Eingabe von
verlangt.
aptitude install
emboss-explorer
Debian Med vertreibt jetzt alle bedeutenden freien Programme für mehrfaches
Sequenz-Alignment. Eines davon, T-Coffee, kann als
Meta-Aligner (M-Coffee
) fungieren, der mehrere Programme steuert und
ihre Ausgabe zu einem höher-qualitativen Alignment kombiniert. Seine Autoren
waren so nett, eine Version zu entwickeln, die nur von freier Software
abhängt – DM-Coffee
– in der Clustal W durch Kalign ersetzt ist.
Dies ist die erste Veröffentlichung von Debian Med, die sich um das
medizinische Feld der strukturellen Bioinformatik kümmert. Die AutoDock-Suite ist
eingetroffen. Sie erlaubt es, Metaboliten auf ihre Affinität zu
Protein-Rezeptoren zu untersuchen, die Basis für in
silico-Drogenuntersuchungen. Debian Med referenziert auch weitere
strukturelle Pakete, wie Gromacs oder PyMol, die von der Debian
Science
-Gemeinschaft bereitgestellt werden.
Sie können alle Programme für die Sequenzanalyse und Bioinformatik in unserem
Paket med-bio finden.
Diversifizierung der medizinischen Pakete
Debian Med deckt einen großen Bereich mit Relevanz für die Medizin an. Dazu gehört z.B. Software, um Leuten beim Kümmern um ihre Gesundheit und ihren Körper zu helfen (Pondus), um die Verbreitungen von Epidemien zu untersuchen (Epigrass) und Programme zur Organisation der beruflichen Arbeit von Ärzten (GNUMed). Der GNUMed-Server ist noch nicht als stabiles Debian-Paket verfügbar, kann aber in unserem Experimental-Bereich gefunden werden, falls Sie uns beim Testen helfen möchten.
Sie finden alle Programme für die Gesundheit und Medizin in unseren Paketen med-practice, med-epi und med-tools.